![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
idelsonГены всех людей вообще-то очень похожи. Но по длине ДНК там и сям встречаются места, где есть разные варианты (SNP, Single Nucleotide Polymorphism). В аутосомных хромосомах (не X и не Y) они в среднем встречаются один раз на 2-3 тысячи оснований.
В наше время существуют базы данных SNP, существуют быстрые способы их анализа. Задумано это все, разумеется, для популяционных генетиков, которые могут таким образом выявить связь тех или иных SNP с заболеваниями. Но оказывается, что, поскольку разные человеческие популяции слегка отличаются по частоте разных SNP, это можно использовать и для исторически-этнографических целей.
Для оценки различий между популяциями используется некая статистическая величина Fst (Fixation index). Не вдаваясь в подробности, скажем, что эта величина оценивает степень различия во встречаемости разных SNP в разных популяциях. Она равна 0, если популяции совсем не отличаются, и 1, если набор SNP в двух популяциях полностью не совпадает.
Так вот, для далеких друг от друга человеческих популяций - например, японцев и жителей суб-Сахарной Африки - эта величина чуть меньше 0.2. Для популяций, ближе расположенных друг к другу, она значительно меньше. Скажем, между палестинцами и шведами она составляет 0.02, между французами и немцами или испанцами - 0.001 и т. д. Но, поскольку можно одновременно посмотреть на сотни тысяч разных SNP, можно иногда выявить даже минорные различия между популяциями.
Для этнографических исследований такой подход имеет свои преимущества по сравнению с анализом Y-хромосом или митохондриальной ДНК: в отличие от них, он рассматривает не только патрилинеарное или матрилинеарное происхождение, а весь набор генов, находящихся у данного индивида или в популяции. С другой стороны, различия здесь проявляются не непосредственно, а в результате сложных статистических манипуляций, и результаты вообще-то зависят от выбранных моделей.
Одна из математических манипуляций, которую можно при этом произвести, называется Principal component analysis (PCA) (Не хочу влезать и объяснять, что это такое, поскольку и сам не очень понимаю. По крайней мере, не настолько, чтобы объяснять). Если подобрать подходящие популяции, одни из которых расположены с севера на юг, а другие - с востока на запад, то можно построить некоторую двумерную картинку, где две выделенные принципиальные компоненты будут примерно соответствовать географическим направлениям (см. картинку из [4] для Евразии и Африки, см. в другом масштабе картинку для Европы из [5].
Забавно, но при этом действительно получается, что популяции, расположенные на линии с востока на запад или с севера на юг, действительно при такой операции располагаются примерно в том же порядке вдоль соответствующих осей.
На картинке из [4] видно, что различия между жителями Ближнего Востока и Европы ничтожны по сравнению с отличиями тех и других, например, от китайцев или африканцев.
Но, тем не менее, есть и небольшие различия между европейцами и жителями Ближнего Востока.
Где в этой картине оказываются разные еврейские общины? Там, где им и положено (см. первую картинку): за исключением эфиопских евреев и обеих групп индийских евреев, они все оказываются рядом друг с другом, примерно посередине между европейцами и ближневосточными народами. Примерно в том же месте на графике, где еврейский кластер, располагаются киприоты и друзы.
Некий Эран Эльхайк, постдок из Джонс Хопкинса, посмотрев на данные из [2-4], обратил внимание на то, что то, что у этих авторов называлось "ближневосточными народами", включало в себя и Кавказ, хотя на графике можно различить два разных кластера: собственно ближневосточные народы и кавказские. Он и различил, а дальше проанализировал данные из [3] следующим образом: при рассмотрении ашкеназских евреев он учитывал страну происхождения. Он разделил ашкенази на две группы: Центральную Европу и Восточную Европу [1].
При этом получилось (см. картинку из [1]), что восточноевропейские ашкенази располагаются на графике, грубо говоря, восточнее, чем среднеевропейские.
Он с большой помпой объявил (и был за то обласкан Шломо Зандом), что он нашел ощутимый хазарский след в генах восточноевропейских ашкенази. Не знаю, хазарский ли, или, по-моему, более вероятно, малоазиатский, но в любом случае, он, видимо, таки показал, что евреи Речи Посполитой, по сравнению с Центральной Европой, получили некоторое обнаружимое вливание генов, близких к Кавказу, а вовсе не все переселились из Германии.
При анализе популяций используется еще другая математическая игра под названием ADMIXTURE analysis. Она интересная и использовалась в этих работах, но, ИМХО, ничего не прибавила к той информации, которую я рассказал. Может, когда-нибудь и напишу о ней подробнее, но не обещаю.
1. Elhaik E. (2013)The Missing Link of Jewish European Ancestry: Contrasting the Rhineland and the Khazarian Hypotheses. Genome Biol. Evol. 5: 61–74 (link).
2. Atzmon, G. et al. (2010) Abraham's Children in the Genome Era: Major Jewish Diaspora Populations Comprise Distinct Genetic Clusters with Shared Middle Eastern Ancestry. Am. J. Hum. Genet. 86, 850–859 (link)
3. Behar, D.M. et al. (2010) The genome-wide structure of the Jewish people. Nature 466, 238-242 (link)
4. Ostrer, H., and Skorecki, K. (2013) The population genetics of the Jewish people. Hum. Genet. 132, 119–127 (link)
5. Nelis, M. (2009) Genetic Structure of Europeans: A View from the North–East. PLoS ONE 4, e5472 (link)
В наше время существуют базы данных SNP, существуют быстрые способы их анализа. Задумано это все, разумеется, для популяционных генетиков, которые могут таким образом выявить связь тех или иных SNP с заболеваниями. Но оказывается, что, поскольку разные человеческие популяции слегка отличаются по частоте разных SNP, это можно использовать и для исторически-этнографических целей.
Для оценки различий между популяциями используется некая статистическая величина Fst (Fixation index). Не вдаваясь в подробности, скажем, что эта величина оценивает степень различия во встречаемости разных SNP в разных популяциях. Она равна 0, если популяции совсем не отличаются, и 1, если набор SNP в двух популяциях полностью не совпадает.
Так вот, для далеких друг от друга человеческих популяций - например, японцев и жителей суб-Сахарной Африки - эта величина чуть меньше 0.2. Для популяций, ближе расположенных друг к другу, она значительно меньше. Скажем, между палестинцами и шведами она составляет 0.02, между французами и немцами или испанцами - 0.001 и т. д. Но, поскольку можно одновременно посмотреть на сотни тысяч разных SNP, можно иногда выявить даже минорные различия между популяциями.
Для этнографических исследований такой подход имеет свои преимущества по сравнению с анализом Y-хромосом или митохондриальной ДНК: в отличие от них, он рассматривает не только патрилинеарное или матрилинеарное происхождение, а весь набор генов, находящихся у данного индивида или в популяции. С другой стороны, различия здесь проявляются не непосредственно, а в результате сложных статистических манипуляций, и результаты вообще-то зависят от выбранных моделей.
Одна из математических манипуляций, которую можно при этом произвести, называется Principal component analysis (PCA) (Не хочу влезать и объяснять, что это такое, поскольку и сам не очень понимаю. По крайней мере, не настолько, чтобы объяснять). Если подобрать подходящие популяции, одни из которых расположены с севера на юг, а другие - с востока на запад, то можно построить некоторую двумерную картинку, где две выделенные принципиальные компоненты будут примерно соответствовать географическим направлениям (см. картинку из [4] для Евразии и Африки, см. в другом масштабе картинку для Европы из [5].
Забавно, но при этом действительно получается, что популяции, расположенные на линии с востока на запад или с севера на юг, действительно при такой операции располагаются примерно в том же порядке вдоль соответствующих осей.
На картинке из [4] видно, что различия между жителями Ближнего Востока и Европы ничтожны по сравнению с отличиями тех и других, например, от китайцев или африканцев.
Но, тем не менее, есть и небольшие различия между европейцами и жителями Ближнего Востока.
Где в этой картине оказываются разные еврейские общины? Там, где им и положено (см. первую картинку): за исключением эфиопских евреев и обеих групп индийских евреев, они все оказываются рядом друг с другом, примерно посередине между европейцами и ближневосточными народами. Примерно в том же месте на графике, где еврейский кластер, располагаются киприоты и друзы.
Некий Эран Эльхайк, постдок из Джонс Хопкинса, посмотрев на данные из [2-4], обратил внимание на то, что то, что у этих авторов называлось "ближневосточными народами", включало в себя и Кавказ, хотя на графике можно различить два разных кластера: собственно ближневосточные народы и кавказские. Он и различил, а дальше проанализировал данные из [3] следующим образом: при рассмотрении ашкеназских евреев он учитывал страну происхождения. Он разделил ашкенази на две группы: Центральную Европу и Восточную Европу [1].
При этом получилось (см. картинку из [1]), что восточноевропейские ашкенази располагаются на графике, грубо говоря, восточнее, чем среднеевропейские.
Он с большой помпой объявил (и был за то обласкан Шломо Зандом), что он нашел ощутимый хазарский след в генах восточноевропейских ашкенази. Не знаю, хазарский ли, или, по-моему, более вероятно, малоазиатский, но в любом случае, он, видимо, таки показал, что евреи Речи Посполитой, по сравнению с Центральной Европой, получили некоторое обнаружимое вливание генов, близких к Кавказу, а вовсе не все переселились из Германии.
При анализе популяций используется еще другая математическая игра под названием ADMIXTURE analysis. Она интересная и использовалась в этих работах, но, ИМХО, ничего не прибавила к той информации, которую я рассказал. Может, когда-нибудь и напишу о ней подробнее, но не обещаю.
1. Elhaik E. (2013)The Missing Link of Jewish European Ancestry: Contrasting the Rhineland and the Khazarian Hypotheses. Genome Biol. Evol. 5: 61–74 (link).
2. Atzmon, G. et al. (2010) Abraham's Children in the Genome Era: Major Jewish Diaspora Populations Comprise Distinct Genetic Clusters with Shared Middle Eastern Ancestry. Am. J. Hum. Genet. 86, 850–859 (link)
3. Behar, D.M. et al. (2010) The genome-wide structure of the Jewish people. Nature 466, 238-242 (link)
4. Ostrer, H., and Skorecki, K. (2013) The population genetics of the Jewish people. Hum. Genet. 132, 119–127 (link)
5. Nelis, M. (2009) Genetic Structure of Europeans: A View from the North–East. PLoS ONE 4, e5472 (link)
