(no subject)
Jan. 13th, 2016 06:54 am![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
idelsonВсе знают из школьной программы о нескольких уровнях структуры белков: первичной - последовательности аминокислот; вторичной - участков с повторяющимися углами, на которые повернуты молекулы аминокислот; третичной - уникальной структуры, в которую свернута аминокислотная цепочка в молекуле белка; ну, и четвертичной - общей структуры, в которую могут собраться несколько аминокислотных цепочек.
Представление о жестко фиксированной структуре белков было впервые сформулировано Эмилем Фишером в 1894 г. и превратилось в популярную догму. Структуру белков можно изучить с помощью рентгеновской кристаллографии, и база данных содержит >90,000 таких структур.
При этом до начала 2000 гг биохимики не замечали, что они ищут под фонарем: существиет целый класс белков без фиксированной структуры, которые невозможно кристаллизовать и которые тем самым не попадают в базу данных. Более того, в большинстве белков четко структурированные участки чередуются с бесструктурными участками разной длины. В этих случаях кристаллизовали не целый белок, а только его структурированный участок.
Вот как это выглядит с белком SUMO-1, у которого структурированная середина и бесструктурные участки по сторонам.
Вот другой хороший пример: калиевый канал Shaker. Большая его часть находится внутри мембраны и строго структурирована. Есть еще кусочек на N-конце, называемый ball. Канал - voltage-gated, то есть открывается после деполяризации мембраны. Через него начинают проходить ионы калия. При деполяризации происходит перемещение зарядов внутри мембраны, и внутренняя сторона оказывается слегка заряжена отрицательно. "Мячик" заряжен положительно, и как только он окажется достаточно близко к отрицательному заряду, он заткнет собой канал. А как быстро он там окажется - зависит от длины веревки, на которой он свободно болтается. Такая конструкция называется "энтропийные часы". Время полузатыкания -несколько миллисекунд. Канал должен открываться после деполяризации и закрываться через несколько миллисекунд.
Представление о жестко фиксированной структуре белков было впервые сформулировано Эмилем Фишером в 1894 г. и превратилось в популярную догму. Структуру белков можно изучить с помощью рентгеновской кристаллографии, и база данных содержит >90,000 таких структур.
При этом до начала 2000 гг биохимики не замечали, что они ищут под фонарем: существиет целый класс белков без фиксированной структуры, которые невозможно кристаллизовать и которые тем самым не попадают в базу данных. Более того, в большинстве белков четко структурированные участки чередуются с бесструктурными участками разной длины. В этих случаях кристаллизовали не целый белок, а только его структурированный участок.
Вот как это выглядит с белком SUMO-1, у которого структурированная середина и бесструктурные участки по сторонам.
Вот другой хороший пример: калиевый канал Shaker. Большая его часть находится внутри мембраны и строго структурирована. Есть еще кусочек на N-конце, называемый ball. Канал - voltage-gated, то есть открывается после деполяризации мембраны. Через него начинают проходить ионы калия. При деполяризации происходит перемещение зарядов внутри мембраны, и внутренняя сторона оказывается слегка заряжена отрицательно. "Мячик" заряжен положительно, и как только он окажется достаточно близко к отрицательному заряду, он заткнет собой канал. А как быстро он там окажется - зависит от длины веревки, на которой он свободно болтается. Такая конструкция называется "энтропийные часы". Время полузатыкания -несколько миллисекунд. Канал должен открываться после деполяризации и закрываться через несколько миллисекунд.
